שער ברזל הוצב בכניסה לבור הייחודי, שאותו חוקר פרופ' עמוס פרומקין במשך 47 שנה. במקום שבו שוכן הבור אמורה לקום שכונת וילות. פרופ' פרומקין זועם: באתר הבור הסיני יש כ-50 מערות שונות וייחודיות חלקן מכילות עצמות של קרנפים ויחמורים פרהיסטוריים ופתאום בא משהו מבחוץ לכאורה, שחושב שהוא בעד ארץ ישראל ופועל ללא התייעצות ובלי לתת חשבון לאף אחד". היזמים מסרו: "הבור נסגר באופן זמני עקב בעיות בטיחות"

צמוד לעפרה שבחבל בנימין מסתתר פלא טבע ייחודי ויוצא דופן, מערה קארסטית ועשירה בנטיפים בעומק של 60 מטרים. החוקרים הראשונים שירדו לעומק המערה וחקרו את הבור המסתורי, הרגישו כי הבור הנדיר עמוק מאוד והירידה לעומק האדמה היא אינסופית, ובהומור טענו כי הוא ממשיך לקצה השני של כדור הארץ וכך נולד שמו - הבור הסיני. אך למרות הייחודיות של המקום, ל-ynet נודע כי עמותת "הקופה הציבורית לבניין ארץ ישראל" שקנתה את השטח שבו נמצא הבור הסיני, סגרה את פתח המערה הנדירה בשער ברזל, בטענה כי המקום מסוכן לציבור והיא מתכננת להרוס את הפלא הייחודי ולבנות במקום שכונת וילות.

שטח המערות הוא אחד היעדים האטרקטיביים ביותר לחובבי התחום בפרט ולחקר מערות בכלל. המחקר השיטתי במערות במרחב בעפרה ייצר ידע רב בתחום המערות בישראל, ובבור הסיני אף ישנה מערכת סולמות למטיילים חובבים. כל בנייה בשטח עלולה לערער את יציבותם של הקמינים באזור ולקריסת דופנות המערות. יתרה מכך בנייה בשטח תחייב פתרונות הנדסיים מורכבים ביותר בגלל החללים התת קרקעיים הרבים בשטח. השטח המדובר מיועד בתוכנית מתאר אזורית RJ-5 כאזור חקלאי ולא כאזור פיתוח. בהתאם להוראות תוכנית המתאר, ניתן להקים באזור חקלאי רק מבנים המיועדים לשימוש חקלאי, מחסה ועוד.. מבני מגורים ובנייני ציבור בהסכמה מיוחדת של הוועדה המחוזית, מבני תעשייה בהסכמה מיוחדת של הוועדה המחוזית. לא אושרה כל תוכנית מפורטת בשטח המשנה את ייעודו או המאפשרת הקמת מבני מגורים באזור החקלאי. כמו כן לא ניתנה שום הסכמה (ובוודאי שלא הסכמה מיוחדת) מטעם מועצת התכנון העליונה להקמת מבני מגורים בשטח. לאור האמור לעיל, החברה להגנת הטבע מתנגדת נחרצות לכוונה לבצע עבודות בינוי למגורים תוך הרס של נכס סביבתי, ייחודי ונדיר של שדה הקרסט בעפרה.