1. הפקולטה מציעה מיגוון תוכניות מיוחדות לתלמידים מצטיינים בנוסף לתכנית "אמירים", שתוזכר בהמשך. האפשרויות שונות בהתאם למגמת הלימודים והן מתאימות לכללים הבאים:
א. החוג למדעי החיים מציע מסלול לימודים מיוחד, "אתגר", למצטיינים (ראה פירוט בתכנית החוג).
התוכניות המשולבות "מדעים מדוייקים" /  "מדעי המחשב וביולוגיה חישובית" מקיימות לימודים במסלול ישיר למוסמך ומיועדות לתלמידים מצטיינים.

ב. תלמידים מצטיינים רשאים לפנות בבקשה לחריגה ממסלול הלימודים הרגיל. החריגות שיישקלו כוללות שחרור מחובת השתתפות בקורסי חובה. שחרור כזה יאפשר השתתפות בקורסים אחרים, במסגרת הפקולטה או האוניברסיטה בכללה, בהתאם לנטיותיו ורצונו של התלמיד. כמו כן תישקל האפשרות ללמוד בקורסים מתקדמים מבלי למלא את כל הדרישות המוקדמות להם.

ג. בפקולטה מתקיימים קורסים מתקדמים, הן במסגרת הבוגר והן במסגרת לימודי המוסמך. חלק מקורסים אלה פתוחים לתלמידים מצטיינים מהתואר הראשון. הקורסים מתקיימים במסגרת המאפשרת דיון אישי בין המורים והתלמידים, והם דורשים עבודה עצמית רבה. השתתפות בהם עשויה להילקח בחשבון בשיקולי ועדות המינויים למשרות במסגרת לימודי המוסמך והדוקטור.

ד. חלק מהחוגים מציעים הכנת משימה מחקרית אישית במסגרת אחת ממעבדות המחקר. משימה כזו מחיבת הגשת עבודת סיכום כתובה ונחשבת לקורס מתקדם. היא מקנה לתלמיד ניסיון במחקר ועוזרת בהבנת חומר הלימודים הכללי ובבחירת המסלול ללימודי המשך. תלמידים מצטיינים במיוחד יוכלו לקבל אישור להכנת משימה מורחבת (עד 20 נקודות), בדומה למשימה המחקרית הנדרשת מתלמידי "אמירים".

2. תכנית "אמירים" לתלמידים מצטיינים:
תלמידים בעלי חתך קבלה גבוה במיוחד (שנקבע ע"י האוניברסיטה) מוזמנים להצטרף לתכנית מיוחדת לקראת תואר .B.Sc. בשנת הלימודים השניה, יוזמנו להצטרף לתכנית תלמידים אשר יזכו בפרסי הרקטור או הדיקן על השגיהם בשנה הראשונה. תלמיד "אמירים" המסיים שנה א' ואינו מצטיין בלימודיו, יתכן ויועבר לתכנית לימודים רגילה. בהחלטה על העברה כזו תילקח בחשבון תכנית הלימודים שנבחרה ע"י התלמיד, מבחינת היקפה והאתגר שבהרכב הקורסים.

תלמידי תכנית "אמירים" רשאים לבחור בתכניות לימודים המותאמות לנטיותיהם האישיות. תכניות רב תחומיות  כולל לימודים בחוגים מפקולטאות אחרות. תכניות אלו תיקבענה בתיאום עם יועצי החוגים השונים ומרכז התכנית.
כל תלמיד "אמירים" יבצע בשנת לימודיו השלישית פרויקט מחקרי לפי בחירתו, בהנחיית אחד ממורי הפקולטה. לתלמיד התכנית תוענק תעודת "בוגר" מיוחדת אשר יצויין בה כי השתתף בתכנית "אמירים" לתלמידים מצטיינים וכי הגיש פרויקט מחקרי שציונו יירשם בתעודה. למסיימי התכנית, תוצענה תכניות לימודים לתארים גבוהים בהתאם להישגיהם, כולל אפשרות לימודים במסלול ישיר לדוקטורט.
פרטים נוספים ראה בחלק העוסק במסלולי הלימודים לבוגר.